La INSTITUCIO EDUCATIVA CIUDAD BOQUIA fue fundada el 28 de junio de 1991, por el ministro de desarrollo de ese año, Doctor Ernesto Samper Pizano, en el gobierno del Presidente Cesar Gaviria Trujillo.
Se estima que habían cerca de 8oo niños sin educación Primaria, ya que las instituciones mas cercanas quedaban demasiado lejos, se decidió realizar un proyecto de construcción de una INSTITUCION EDUCATIVA, que ayudaría a resolver el problema que en ese entonces enfrentaba el barrio.